Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Provide way to stop normalization if the expression is obviously problematic (such as deletions in large gap/unknown regions)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#397 5 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với routine chuẩn hóa của Allele.state và tái hiện trường hợp NC_000015.9:g.7211_7214del được mô tả trong issue. Xác định xem việc hoàn tất nên được kiểm soát bằng giới hạn tăng trưởng của chuỗi hay bằng cách từ chối các base được mã hóa là mơ hồ, sau đó định nghĩa done sao cho quá trình chuẩn hóa trả về nhanh chóng theo quy tắc đã thống nhất.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

When trying to normalize the variant NC_000015.9:g.7211_7214del the routine will go into a seemingly endless routine to try to figure out the normalized result for the Allele.state.

Without a full analysis their is evidence that this is likely caused by the fact that the first 17 million bases in chromosome 15 are all Ns. So as it rolls right/left to get to a unique sequence region it will go on for an impractical amount of time.

I suggest we put a limit in terms of how large the sequence can grow up to when normalizing the Allele. But we should discuss how to best handle this.

@toneillbroad just suggested that maybe we simply disallow any normalization that includes ambiguity coded bases not A, C, T or G. I sort of like that as a general rule of thumb, since it is very difficult to address the true normality of a sequence that includes any of the ambiguity codes. We can make this a vrs-python rule so that our normalizer doesn't go off and never return in these portions of the reference sequences

Ngôn ngữ chính
Python
Star
64
Fork
44
Merge trung bình
3 ngày 2 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
6

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

  • Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
  • Không có mẫu pull request
  • Không có hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ga4gh/vrs-python

Tất cả issue của ga4gh/vrs-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.