Input type issues in using `Translator` to translate from VRS
Los mantenedores suelen responder en 2 días
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza con src/ga4gh/vrs/extras/translator.py alrededor de las líneas 125-135, donde el translator usa subíndices sobre los modelos y falla. Compara el manejo de entradas utilizado por los demás translators y determina después si la entrada de VRS debe ser de forma coherente un objeto JSON serializado u otra forma documentada. Se considera terminado cuando el contrato de entrada elegido funciona sin el error module-subscript y es coherente con los demás translators.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
This code here tries to subscript into models, which is a module, on line 132. This obviously leads to an error:
I think a bigger problem is inconsistency about expected inputs. The other translators take variant expressions as strings, but translating from VRS seems to try to handle either dicts or Pydantic objects (realistically, probably actually PythonJsonSchemaObjects, not Pydantic). I think it'd be better to maybe expect input to be a JSON object serialized into a string, just to remain consistent and avoid these kinds of issues.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 64
- Forks
- 45
- Merge medio
- 4 d 4 h
- PR fusionados (30 d)
- 8
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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