parsing CWL v1.0 & v1.1
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 30/100
Línea de trabajo
Comienza en CWLHandler.java de Dockstore, alrededor de la línea 364, y reproduce loadDocument con los dos descriptores primarios enlazados. Revisa los mensajes de ValidationException y los detalles del stack trace en los comentarios del issue; después, sigue la ruta de validación correspondiente de cwljava. Se considera terminado cuando se hayan identificado y corregido los fallos de análisis, con cobertura de regresión para ambos workflows o documentando por qué uno de los dos descriptores no es válido.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364
The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:
https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl
https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl
The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.
Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.
The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.
Please let me know if you need any more info. Thanks!
- Lenguaje dominante
- Java
- Estrellas
- 16
- Forks
- 8
- Merge medio
- 3 h 25 min
- PR fusionados (30 d)
- 4
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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