parsing CWL v1.0 & v1.1
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Avaliação
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Facilidade para iniciantes
- 30/100
Direção de pesquisa
Comece em CWLHandler.java do Dockstore, por volta da linha 364, e reproduza loadDocument com os dois descritores primários vinculados. Revise as mensagens de ValidationException e os detalhes do stack trace nos comentários da issue e, em seguida, rastreie o caminho de validação correspondente do cwljava. Considera-se concluído quando as falhas de parsing forem identificadas e corrigidas, com cobertura de regressão para ambos os workflows ou documentando por que um dos descritores é inválido.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364
The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:
https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl
https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl
The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.
Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.
The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.
Please let me know if you need any more info. Thanks!
- Linguagem predominante
- Java
- Estrelas
- 16
- Forks
- 8
- Merge médio
- 3h 25min
- PRs com merge (30d)
- 4
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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