parsing CWL v1.0 & v1.1
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評価
調査の方向性
Dockstore の CWLHandler.java の 364 行目付近から開始し、リンクされている 2 つのプライマリ記述子を使って loadDocument を再現します。Issue のコメントにある ValidationException メッセージとスタックトレースの詳細を確認し、対応する cwljava の検証パスを追跡します。両方のワークフローに対するリグレッションカバレッジを追加するか、いずれかの記述子が無効である理由を文書化したうえで、パースの失敗を特定して修正できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364
The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:
https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl
https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl
The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.
Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.
The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.
Please let me know if you need any more info. Thanks!
- 主要言語
- Java
- スター
- 16
- フォーク
- 8
- 平均マージ
- 4時間 8分
- マージ済み PR（30日）
- 4
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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