parsing CWL v1.0 & v1.1
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
Direzione di ricerca
Inizia da CWLHandler.java di Dockstore, intorno alla riga 364, e riproduci loadDocument con i due descrittori primari collegati. Esamina i messaggi di ValidationException e i dettagli dello stack trace nei commenti dell’issue, quindi segui il corrispondente percorso di validazione di cwljava. Il lavoro è completo quando gli errori di parsing sono stati identificati e corretti, con test di regressione per entrambi i workflow oppure documentando perché uno dei due descrittori non è valido.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364
The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:
https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl
https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl
The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.
Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.
The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.
Please let me know if you need any more info. Thanks!
- Lingua principale
- Java
- Stelle
- 16
- Fork
- 8
- Merge medio
- 4h 8m
- PR unite (30g)
- 4
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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