parsing CWL v1.0 & v1.1
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評估
研究方向
從 Dockstore 的 CWLHandler.java 約第 364 行開始，使用兩個已連結的主要描述元重現 loadDocument。檢查 issue 留言中的 ValidationException 訊息和堆疊追蹤詳細資訊，然後追蹤對應的 cwljava 驗證路徑。完成的標準是找出並修正解析失敗，並為兩個 workflow 提供回歸覆蓋，或記錄其中一個描述元無效的原因。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364
The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:
https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl
https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl
The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.
Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.
The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.
Please let me know if you need any more info. Thanks!
- 主要語言
- Java
- 星號
- 16
- 分支
- 8
- 平均合併
- 4 小時 8 分鐘
- 30 天內合併 PR
- 4
環境準備
這個專案沒有提供開發容器、Dockerfile 或貢獻指南，環境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步驟見我們的新手貢獻指南。
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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