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parsing CWL v1.0 & v1.1

Offen
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Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
30/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
java
Bereich
tooling

Rechercherichtung

Beginne bei Dockstores CWLHandler.java ungefähr in Zeile 364 und reproduziere loadDocument mit den beiden verlinkten primären Deskriptoren. Prüfe die ValidationException-Meldungen und Stacktrace-Details in den Kommentaren des Issues und verfolge anschließend den entsprechenden cwljava-Validierungspfad. Als erledigt gilt die Identifizierung und Behebung der Parsing-Fehler, mit Regressionstests für beide Workflows oder einer Dokumentation, warum einer der beiden Deskriptoren ungültig ist.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Recently, we integrated cwljava v1.0 into Dockstore, and during testing, we found some workflows that cause the parser to throw. In our webservice, we use our own preprocessor to combine the various component CWL files into one big CWL represented by Maps/Lists, and parse it with cwljava here:
https://github.com/dockstore/dockstore/blob/67f4547e771864cafacdc1c92fa7bd47261e32da/dockstore-webservice/src/main/java/io/dockstore/webservice/languages/CWLHandler.java#L364

The following workflows cause loadDocument to throw a ValidationException:

https://github.com/ICGC-TCGA-PanCancer/OxoG-Dockstore-Tools/tree/master
primary descriptor: /oxog_varbam_annotate_wf.cwl

https://github.com/h3abionet/h3agatk/tree/1.0.1
primary descriptor: /workflows/GATK/GATK-complete-WES-Workflow-h3abionet.cwl

The first workflow contains a SchemaDefRequirement and the parser appears to have trouble parsing the type references (TumourType.yaml#TumourType etc). When I change the type references to int, the workflow successfully parses.

Judging from exception message, the second workflow seems to be failing for a different reason, but I haven't pinpointed what, exactly. It is possible that it's not valid, but a cursory inspection didn't turn up any problems.

The exception messages are pretty big, so I put them and some stack trace info in the comments.

Please let me know if you need any more info. Thanks!

Vorherrschende Sprache
Java
Sterne
16
Forks
8
Ø Merge
4 Std. 8 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
4

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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