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RFPpeptides protocol

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Documentación
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
documentation, machine-learning

Línea de trabajo

Start with the RFdiffusion cyclic-design procedure in the linked RFPep​tides paper's supplementary information, then trace the generated complex through ProteinMPNN and FastRelax. Document how the ProteinMPNN sequence replaces polyG before relaxation, including the expected complex PDB input and a reproducible validation step.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hi everybody, I am trying to follow the procedure in the SI of the RFPeptides paper to design macrocyclic binders against a target protein. I have correctly launched RFDiffusion with the cyclic flags, and obtain .pdbs of the complex of my protein and the binder. Then I run ProteinMPNN with the options listed in the paper.

But now the procedure tells to run FastRelax, however i do not know how to generate the .pdb of the complex with the ProteinMPNN sequence instead the polyG and they do not tell how they model this. Any advise?

Image
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
3.1k
Forks
650
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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