RFPpeptides protocol
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Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Documentation
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- python
- Domaine
- documentation, machine-learning
Piste de recherche
Start with the RFdiffusion cyclic-design procedure in the linked RFPeptides paper's supplementary information, then trace the generated complex through ProteinMPNN and FastRelax. Document how the ProteinMPNN sequence replaces polyG before relaxation, including the expected complex PDB input and a reproducible validation step.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Hi everybody, I am trying to follow the procedure in the SI of the RFPeptides paper to design macrocyclic binders against a target protein. I have correctly launched RFDiffusion with the cyclic flags, and obtain .pdbs of the complex of my protein and the binder. Then I run ProteinMPNN with the options listed in the paper.
But now the procedure tells to run FastRelax, however i do not know how to generate the .pdb of the complex with the ProteinMPNN sequence instead the polyG and they do not tell how they model this. Any advise?
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 3.1k
- Forks
- 656
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
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- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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