RFPpeptides protocol
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
Start with the RFdiffusion cyclic-design procedure in the linked RFPeptides paper's supplementary information, then trace the generated complex through ProteinMPNN and FastRelax. Document how the ProteinMPNN sequence replaces polyG before relaxation, including the expected complex PDB input and a reproducible validation step.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi everybody, I am trying to follow the procedure in the SI of the RFPeptides paper to design macrocyclic binders against a target protein. I have correctly launched RFDiffusion with the cyclic flags, and obtain .pdbs of the complex of my protein and the binder. Then I run ProteinMPNN with the options listed in the paper.
But now the procedure tells to run FastRelax, however i do not know how to generate the .pdb of the complex with the ProteinMPNN sequence instead the polyG and they do not tell how they model this. Any advise?
- 主要语言
- Python
- 星标
- 3.1k
- 派生
- 652
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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