RFPpeptides protocol
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- documentation, machine-learning
Direzione di ricerca
Start with the RFdiffusion cyclic-design procedure in the linked RFPeptides paper's supplementary information, then trace the generated complex through ProteinMPNN and FastRelax. Document how the ProteinMPNN sequence replaces polyG before relaxation, including the expected complex PDB input and a reproducible validation step.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi everybody, I am trying to follow the procedure in the SI of the RFPeptides paper to design macrocyclic binders against a target protein. I have correctly launched RFDiffusion with the cyclic flags, and obtain .pdbs of the complex of my protein and the binder. Then I run ProteinMPNN with the options listed in the paper.
But now the procedure tells to run FastRelax, however i do not know how to generate the .pdb of the complex with the ProteinMPNN sequence instead the polyG and they do not tell how they model this. Any advise?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 3.1k
- Fork
- 650
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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