Owner

ncbi

Zum Folgen anmelden

10 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen

sra-tools
SRA Tools

C · 1368 Sterne
datasets
NCBI Datasets is a new resource that lets you easily gather data from across NCBI databases.

Jupyter Notebook · 559 Sterne
amr
AMRFinderPlus - Identify AMR genes and point mutations, and virulence and stress resistance genes in assembled bacterial nucleotide and p...

C++ · 391 Sterne
egapx
Eukaryotic Genome Annotation Pipeline-External caller scripts and documentation

Nextflow · 207 Sterne
icn3d
web-based protein structure viewer and analysis tool interactively or in batch mode

JavaScript · 175 Sterne
ngs-tools

C++ · 113 Sterne
ncbi-vdb
ncbi-vdb

C · 103 Sterne
ncbi-cxx-toolkit-public
NCBI C++ Toolkit package sources

C++ · 102 Sterne
clinvar
ClinVar aggregates information about genomic variation and its relationship to human health. Contact us at '[email protected]...

HTML · 84 Sterne
stxtyper
StxTyper uses a standardized algorithm to accurately type both known and unknown Shiga toxin operons from assembled genomic sequence.

C++ · 19 Sterne

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Issues, an denen vielleicht schon jemand arbeitet, stehen am Ende. Alles nach Datum anzeigen

check-corrupt exits 0 on corrupt runs since 3.3.0 and reports "All accessions are good!" for inputs it could not open
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100

ncbi/sra-tools#1202 · Erstellt am 27.9.2026
Proteins are not found for Nymphaea taxid during EGAPx annotation
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#271 · Erstellt am 26.9.2026
Segfault in ReferenceObj_Read when a reference's row can't be read before any other
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 88/100

ncbi/ncbi-vdb#282 · 1 Kommentar · Erstellt am 25.9.2026
Segfault in readNormalIncomplete: RefSeq load() sets the reader after starting the background loading thread
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/ncbi-vdb#280 · 1 Kommentar · Erstellt am 25.9.2026
BUG: changing limits from docker container
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

ncbi/egapx#270 · Erstellt am 21.9.2026
README correcting request.
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100

ncbi/egapx#269 · 1 Kommentar · Erstellt am 19.9.2026
prefetch/srapath "no data (404)" for all runs in approved dbGaP cart (phs000951, project #43272)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/sra-tools#1200 · 1 Kommentar · Erstellt am 04.9.2026
lds2_indexer not found during rnaseq_collapse
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

ncbi/egapx#267 · 1 Kommentar · Erstellt am 04.9.2026
Segmentation fault in rnaseq_collapse_new
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#264 · 1 Kommentar · Erstellt am 19.8.2026
Fetch genes by assembly ID OR fetch genome annotation report using the CLI
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/datasets#600 · 2 Kommentare · Erstellt am 16.8.2026
How to increase parallelism of minimap2_wnode_fasta in EGAPx?
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/egapx#263 · 3 Kommentare · Erstellt am 08.8.2026
Huge genome annotation issue
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

ncbi/egapx#262 · 16 Kommentare · Erstellt am 04.8.2026
COBALT: CMultiAligner::x_BuildAlignmentIterative double frees constraint hits when the alignment stage throws anything other than std::bad_alloc
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 88/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#25 · 1 Kommentar · Erstellt am 03.8.2026
Inconsistent host annotation for ON022733.1 in datasets CLI and NCBI website
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/datasets#595 · 5 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 28.7.2026
datasets summary virus genome taxon 10239 fails on gateway errors
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/datasets#594 · 4 Kommentare · Erstellt am 23.7.2026
Negative hmm scores throw an error in amr_report.cpp
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100

ncbi/amr#192 · 2 Kommentare · Erstellt am 29.6.2026
amr_report crashes with "QC_ASSERT hmmStart" when multiple overlapping NCBIFAM HMM hits exist for a single protein (v4.2.7)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/amr#191 · 1 Kommentar · Erstellt am 19.6.2026
cmake acting weird
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/sra-tools#1182 · Erstellt am 18.6.2026
Local SRA read cache isn't relocatable — read paths in sra_dir/runs.yaml are stored as absolute paths
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#257 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.6.2026
rnaseq_collapse fails with a CStringException::eConvert error
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/egapx#256 · 9 Kommentare · Erstellt am 15.6.2026
Add metadata column to distinguish patent sequences (e.g. include Genbank division)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/datasets#586 · 1 Kommentar · Erstellt am 11.6.2026
On the masking step
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#253 · 3 Kommentare · Erstellt am 05.6.2026
Newer nextflow version (26.04.x) import errors
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

ncbi/egapx#251 · 3 Kommentare · Erstellt am 02.6.2026
Memory Configuration Issues for Large Genomes
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

ncbi/egapx#250 · 6 Kommentare · Erstellt am 01.6.2026
star_wnode writes ~5.5 TB of temporary files to disk when TMPDIR is set in slurm.config
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100

ncbi/egapx#249 · 9 Kommentare · Erstellt am 29.5.2026
Segmentation fault in rnaseq_collapse
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100

ncbi/egapx#246 · 9 Kommentare · Erstellt am 14.5.2026
‌Arabidopsis thaliana rnaseq_collapse Segmentation fault
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#245 · 6 Kommentare · Erstellt am 12.5.2026
filter by segmant
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/datasets#578 · 3 Kommentare · Erstellt am 11.5.2026
please do reactive python binding via anywidget
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

ncbi/icn3d#129 · 3 Kommentare · Erstellt am 16.4.2026
Download genome as part of Offline mode?
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/egapx#220 · 1 Kommentar · Erstellt am 08.4.2026
Isoform nomenclature question
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/egapx#217 · 5 Kommentare · Erstellt am 24.3.2026
fasterq-dump incomplete download
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

ncbi/sra-tools#1154 · Erstellt am 27.2.2026
Enhancement request: Support multi-host and host-exclusion filtering in NCBI Datasets CLI (viral genomes)
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/datasets#559 · 1 Kommentar · Erstellt am 29.1.2026
Date ranges (e.g., 2014/2019) are incorrectly parsed as single year in metadata
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

ncbi/datasets#557 · 2 Kommentare · Erstellt am 26.1.2026
Compilation error due to missing file
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 65/100

ncbi/sra-tools#1122 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 04.12.2025
support for gene_type
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/datasets#544 · 2 Kommentare · Erstellt am 01.12.2025
Best practices for batch processing SRA accessions on an HPC cluster
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

ncbi/sra-tools#1113 · Erstellt am 01.11.2025
fasterq-dump error code 3 associated with directory name
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/sra-tools#1110 · Erstellt am 22.10.2025
windowmasker reads from a file called `-` instead of from `stdin`.
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#21 · 7 Kommentare · Erstellt am 19.9.2025
Use of RNA-seq strand information in EGAPX pipeline
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

ncbi/egapx#172 · 12 Kommentare · Erstellt am 08.9.2025
BUG: Treats local read files as SRR, if it supplied as path to read list.
Offen
- Stimmt etwas nicht?
reads error

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/egapx#165 · 19 Kommentare · Erstellt am 25.8.2025
Author lists do not deduplicate authors with differing numbers of initials
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/datasets#508 · 1 Kommentar · Erstellt am 24.6.2025
Build fails on ARM windows 11 with "No matching toolchains found for types: @@aspect_bazel_lib+//lib:copy_to_directory_toolchain_type"
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

ncbi/datasets#496 · 3 Kommentare · Erstellt am 27.5.2025
Please add --released-before to `datasets download virus genome taxon`
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

ncbi/datasets#489 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 20.5.2025
Does latf-load not support single-cell RNA-seq data, including index files?
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

ncbi/sra-tools#1048 · 2 Kommentare · Erstellt am 12.5.2025
`datasets summary genome taxon` should have exitcode of `0` when there are no genomes for a valid taxon
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

ncbi/datasets#482 · 5 Kommentare · 2 Reaktionen · Erstellt am 08.5.2025
configure assumes /usr/bin/make is gmake, and thus make fails on a system where it isn't
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

ncbi/ncbi-vdb#176 · 6 Kommentare · Erstellt am 18.2.2025
v1.0.31 binary shared object issue
Offen
- Stimmt etwas nicht?
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

ncbi/stxtyper#12 · 7 Kommentare · Erstellt am 22.1.2025
found incorrect/missing assembly_link_type
Offen
- Stimmt etwas nicht?
bug

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 48/100

ncbi/datasets#436 · 1 Kommentar · Erstellt am 10.12.2024
Support for non-Refseq genes
Offen
- Stimmt etwas nicht?
enhancement

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

ncbi/datasets#434 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 06.12.2024

Die neuesten 100 werden angezeigt

Diese Seite listet nur das zuletzt Erfasste. Der vollständige Bestand steht im erweiterten Filter, eingegrenzt nach Sprache, Schwierigkeit und Aufwand.

Erweiterten Filter öffnen

ncbi

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Stimmt etwas nicht?

Die neuesten 100 werden angezeigt

Neue Issues direkt in Ihr Postfach