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SRA Tools

C · 1368 个 star
datasets
NCBI Datasets is a new resource that lets you easily gather data from across NCBI databases.

Jupyter Notebook · 559 个 star
amr
AMRFinderPlus - Identify AMR genes and point mutations, and virulence and stress resistance genes in assembled bacterial nucleotide and p...

C++ · 391 个 star
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Eukaryotic Genome Annotation Pipeline-External caller scripts and documentation

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ClinVar aggregates information about genomic variation and its relationship to human health. Contact us at '[email protected]...

HTML · 84 个 star
stxtyper
StxTyper uses a standardized algorithm to accurately type both known and unknown Shiga toxin operons from assembled genomic sequence.

C++ · 19 个 star

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可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

check-corrupt exits 0 on corrupt runs since 3.3.0 and reports "All accessions are good!" for inputs it could not open
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难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

ncbi/sra-tools#1202 · 2026年9月27日创建
Proteins are not found for Nymphaea taxid during EGAPx annotation
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#271 · 2026年9月26日创建
Segfault in ReferenceObj_Read when a reference's row can't be read before any other
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 88/100

ncbi/ncbi-vdb#282 · 1 条评论 · 2026年9月25日创建
Segfault in readNormalIncomplete: RefSeq load() sets the reader after starting the background loading thread
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ncbi/ncbi-vdb#280 · 1 条评论 · 2026年9月25日创建
BUG: changing limits from docker container
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

ncbi/egapx#270 · 2026年9月21日创建
README correcting request.
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

ncbi/egapx#269 · 1 条评论 · 2026年9月19日创建
prefetch/srapath "no data (404)" for all runs in approved dbGaP cart (phs000951, project #43272)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ncbi/sra-tools#1200 · 1 条评论 · 2026年9月4日创建
lds2_indexer not found during rnaseq_collapse
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

ncbi/egapx#267 · 1 条评论 · 2026年9月4日创建
Segmentation fault in rnaseq_collapse_new
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#264 · 1 条评论 · 2026年8月19日创建
Fetch genes by assembly ID OR fetch genome annotation report using the CLI
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ncbi/datasets#600 · 2 条评论 · 2026年8月16日创建
How to increase parallelism of minimap2_wnode_fasta in EGAPx?
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ncbi/egapx#263 · 3 条评论 · 2026年8月8日创建
Huge genome annotation issue
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

ncbi/egapx#262 · 16 条评论 · 2026年8月4日创建
COBALT: CMultiAligner::x_BuildAlignmentIterative double frees constraint hits when the alignment stage throws anything other than std::bad_alloc
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 88/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#25 · 1 条评论 · 2026年8月3日创建
Inconsistent host annotation for ON022733.1 in datasets CLI and NCBI website
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ncbi/datasets#595 · 5 条评论 · 1 个 reaction · 2026年7月28日创建
datasets summary virus genome taxon 10239 fails on gateway errors
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ncbi/datasets#594 · 4 条评论 · 2026年7月23日创建
Negative hmm scores throw an error in amr_report.cpp
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

ncbi/amr#192 · 2 条评论 · 2026年6月29日创建
amr_report crashes with "QC_ASSERT hmmStart" when multiple overlapping NCBIFAM HMM hits exist for a single protein (v4.2.7)
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ncbi/amr#191 · 1 条评论 · 2026年6月19日创建
cmake acting weird
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ncbi/sra-tools#1182 · 2026年6月18日创建
Local SRA read cache isn't relocatable — read paths in sra_dir/runs.yaml are stored as absolute paths
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#257 · 1 条评论 · 2026年6月18日创建
rnaseq_collapse fails with a CStringException::eConvert error
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ncbi/egapx#256 · 9 条评论 · 2026年6月15日创建
Add metadata column to distinguish patent sequences (e.g. include Genbank division)
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ncbi/datasets#586 · 1 条评论 · 2026年6月11日创建
On the masking step
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#253 · 3 条评论 · 2026年6月5日创建
Newer nextflow version (26.04.x) import errors
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ncbi/egapx#251 · 3 条评论 · 2026年6月2日创建
Memory Configuration Issues for Large Genomes
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

ncbi/egapx#250 · 6 条评论 · 2026年6月1日创建
star_wnode writes ~5.5 TB of temporary files to disk when TMPDIR is set in slurm.config
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

ncbi/egapx#249 · 9 条评论 · 2026年5月29日创建
Segmentation fault in rnaseq_collapse
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 28/100

ncbi/egapx#246 · 9 条评论 · 2026年5月14日创建
‌Arabidopsis thaliana rnaseq_collapse Segmentation fault
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#245 · 6 条评论 · 2026年5月12日创建
filter by segmant
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ncbi/datasets#578 · 3 条评论 · 2026年5月11日创建
please do reactive python binding via anywidget
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

ncbi/icn3d#129 · 3 条评论 · 2026年4月16日创建
Download genome as part of Offline mode?
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ncbi/egapx#220 · 1 条评论 · 2026年4月8日创建
Isoform nomenclature question
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

ncbi/egapx#217 · 5 条评论 · 2026年3月24日创建
fasterq-dump incomplete download
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

ncbi/sra-tools#1154 · 2026年2月27日创建
Enhancement request: Support multi-host and host-exclusion filtering in NCBI Datasets CLI (viral genomes)
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ncbi/datasets#559 · 1 条评论 · 2026年1月29日创建
Date ranges (e.g., 2014/2019) are incorrectly parsed as single year in metadata
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ncbi/datasets#557 · 2 条评论 · 2026年1月26日创建
Compilation error due to missing file
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 65/100

ncbi/sra-tools#1122 · 3 条评论 · 1 个 reaction · 2025年12月4日创建
support for gene_type
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/datasets#544 · 2 条评论 · 2025年12月1日创建
Best practices for batch processing SRA accessions on an HPC cluster
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

ncbi/sra-tools#1113 · 2025年11月1日创建
fasterq-dump error code 3 associated with directory name
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/sra-tools#1110 · 2025年10月22日创建
windowmasker reads from a file called `-` instead of from `stdin`.
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#21 · 7 条评论 · 2025年9月19日创建
Use of RNA-seq strand information in EGAPX pipeline
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- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

ncbi/egapx#172 · 12 条评论 · 2025年9月8日创建
BUG: Treats local read files as SRR, if it supplied as path to read list.
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- 哪里不对？
reads error

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ncbi/egapx#165 · 19 条评论 · 2025年8月25日创建
Author lists do not deduplicate authors with differing numbers of initials
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- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ncbi/datasets#508 · 1 条评论 · 2025年6月24日创建
Build fails on ARM windows 11 with "No matching toolchains found for types: @@aspect_bazel_lib+//lib:copy_to_directory_toolchain_type"
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bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ncbi/datasets#496 · 3 条评论 · 2025年5月27日创建
Please add --released-before to `datasets download virus genome taxon`
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- 哪里不对？
enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ncbi/datasets#489 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2025年5月20日创建
Does latf-load not support single-cell RNA-seq data, including index files?
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- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

ncbi/sra-tools#1048 · 2 条评论 · 2025年5月12日创建
`datasets summary genome taxon` should have exitcode of `0` when there are no genomes for a valid taxon
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- 哪里不对？
enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

ncbi/datasets#482 · 5 条评论 · 2 个 reaction · 2025年5月8日创建
configure assumes /usr/bin/make is gmake, and thus make fails on a system where it isn't
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- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 38/100

ncbi/ncbi-vdb#176 · 6 条评论 · 2025年2月18日创建
v1.0.31 binary shared object issue
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难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

ncbi/stxtyper#12 · 7 条评论 · 2025年1月22日创建
found incorrect/missing assembly_link_type
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- 哪里不对？
bug

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 48/100

ncbi/datasets#436 · 1 条评论 · 2024年12月10日创建
Support for non-Refseq genes
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enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

ncbi/datasets#434 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2024年12月6日创建

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