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STAR .sam files chunks clog the work area
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 54/100

ncbi/egapx#281 · 4 comentários · Aberta em 23/10/2026
Identify bad accessions when downloading
Aberta
- Algo errado?
enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

ncbi/datasets#609 · 1 comentário · Aberta em 20/10/2026
ch_datamod.md: gc.prt full text diverges from ncbi-cxx-toolkit-public
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- Algo errado?
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 67/100

ncbi/cxx-toolkit#416 · 1 comentário · Aberta em 14/10/2026
Request for archived input data: input-2023-10-03.build7061 (404 on S3)
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Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 25/100

ncbi/pgap#362 · Aberta em 5/10/2026
prepare_submission - Biosample ID - inconsistent with inferred dict_keys
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/egapx#276 · 1 comentário · Aberta em 2/10/2026
run_proteins_by_taxid error
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

ncbi/egapx#273 · 6 comentários · Aberta em 1/10/2026
check-corrupt exits 0 on corrupt runs since 3.3.0 and reports "All accessions are good!" for inputs it could not open
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

ncbi/sra-tools#1202 · Aberta em 27/9/2026
[BUG] pgap.py exits 0 without running the pipeline when its self-update fails or rewrites the script
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 88/100

ncbi/pgap#361 · Aberta em 26/9/2026
Proteins are not found for Nymphaea taxid during EGAPx annotation
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/egapx#271 · 1 comentário · Aberta em 26/9/2026
BUG: changing limits from docker container
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 52/100

ncbi/egapx#270 · 2 comentários · Aberta em 21/9/2026
prefetch/srapath "no data (404)" for all runs in approved dbGaP cart (phs000951, project #43272)
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- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/sra-tools#1200 · 1 comentário · Aberta em 4/9/2026
lds2_indexer not found during rnaseq_collapse
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- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 52/100

ncbi/egapx#267 · 1 comentário · Aberta em 4/9/2026
Segmentation fault in rnaseq_collapse_new
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/egapx#264 · 1 comentário · Aberta em 19/8/2026
Fetch genes by assembly ID OR fetch genome annotation report using the CLI
Aberta
- Algo errado?
enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/datasets#600 · 2 comentários · Aberta em 16/8/2026
How to increase parallelism of minimap2_wnode_fasta in EGAPx?
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/egapx#263 · 3 comentários · Aberta em 8/8/2026
Huge genome annotation issue
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- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 38/100

ncbi/egapx#262 · 50 comentários · Aberta em 4/8/2026
COBALT: CMultiAligner::x_BuildAlignmentIterative double frees constraint hits when the alignment stage throws anything other than std::bad_alloc
Aberta
- Algo errado?
Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 88/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#25 · 1 comentário · Aberta em 3/8/2026
Inconsistent host annotation for ON022733.1 in datasets CLI and NCBI website
Aberta
- Algo errado?
bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/datasets#595 · 5 comentários · 1 reação · Aberta em 28/7/2026
datasets summary virus genome taxon 10239 fails on gateway errors
Aberta
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bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/datasets#594 · 5 comentários · Aberta em 23/7/2026
Negative hmm scores throw an error in amr_report.cpp
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bug

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

ncbi/amr#192 · 2 comentários · Aberta em 29/6/2026
amr_report crashes with "QC_ASSERT hmmStart" when multiple overlapping NCBIFAM HMM hits exist for a single protein (v4.2.7)
Aberta
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bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/amr#191 · 1 comentário · Aberta em 19/6/2026
cmake acting weird
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/sra-tools#1182 · Aberta em 18/6/2026
Add metadata column to distinguish patent sequences (e.g. include Genbank division)
Aberta
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enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/datasets#586 · 1 comentário · Aberta em 11/6/2026
On the masking step
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/egapx#253 · 3 comentários · Aberta em 5/6/2026
Newer nextflow version (26.04.x) import errors
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

ncbi/egapx#251 · 3 comentários · Aberta em 2/6/2026
Memory Configuration Issues for Large Genomes
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- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

ncbi/egapx#250 · 6 comentários · Aberta em 1/6/2026
star_wnode writes ~5.5 TB of temporary files to disk when TMPDIR is set in slurm.config
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- Algo errado?
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 78/100

ncbi/egapx#249 · 9 comentários · Aberta em 29/5/2026
Segmentation fault in rnaseq_collapse
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 28/100

ncbi/egapx#246 · 9 comentários · Aberta em 14/5/2026
‌Arabidopsis thaliana rnaseq_collapse Segmentation fault
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/egapx#245 · 6 comentários · Aberta em 12/5/2026
filter by segmant
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enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

ncbi/datasets#578 · 3 comentários · Aberta em 11/5/2026
please do reactive python binding via anywidget
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Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

ncbi/icn3d#129 · 3 comentários · Aberta em 16/4/2026
Isoform nomenclature question
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- Algo errado?
Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/egapx#217 · 5 comentários · Aberta em 24/3/2026
fasterq-dump incomplete download
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

ncbi/sra-tools#1154 · Aberta em 27/2/2026
Enhancement request: Support multi-host and host-exclusion filtering in NCBI Datasets CLI (viral genomes)
Aberta
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enhancement

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/datasets#559 · 1 comentário · Aberta em 29/1/2026
Date ranges (e.g., 2014/2019) are incorrectly parsed as single year in metadata
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- Algo errado?
bug

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

ncbi/datasets#557 · 2 comentários · Aberta em 26/1/2026
Compilation error due to missing file
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Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 65/100

ncbi/sra-tools#1122 · 3 comentários · 1 reação · Aberta em 4/12/2025
support for gene_type
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enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/datasets#544 · 2 comentários · Aberta em 1/12/2025
Best practices for batch processing SRA accessions on an HPC cluster
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- Algo errado?
Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 20/100

ncbi/sra-tools#1113 · Aberta em 1/11/2025
fasterq-dump error code 3 associated with directory name
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/sra-tools#1110 · Aberta em 22/10/2025
windowmasker reads from a file called `-` instead of from `stdin`.
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

ncbi/ncbi-cxx-toolkit-public#21 · 7 comentários · Aberta em 19/9/2025
Use of RNA-seq strand information in EGAPX pipeline
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Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

ncbi/egapx#172 · 12 comentários · Aberta em 8/9/2025
BUG: Treats local read files as SRR, if it supplied as path to read list.
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reads error

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/egapx#165 · 19 comentários · Aberta em 25/8/2025
Author lists do not deduplicate authors with differing numbers of initials
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/datasets#508 · 1 comentário · Aberta em 24/6/2025
Build fails on ARM windows 11 with "No matching toolchains found for types: @@aspect_bazel_lib+//lib:copy_to_directory_toolchain_type"
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bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

ncbi/datasets#496 · 3 comentários · Aberta em 27/5/2025
Please add --released-before to `datasets download virus genome taxon`
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enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

ncbi/datasets#489 · 1 comentário · 1 reação · Aberta em 20/5/2025
Does latf-load not support single-cell RNA-seq data, including index files?
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Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

ncbi/sra-tools#1048 · 2 comentários · Aberta em 12/5/2025
`datasets summary genome taxon` should have exitcode of `0` when there are no genomes for a valid taxon
Aberta
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enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 42/100

ncbi/datasets#482 · 5 comentários · 2 reações · Aberta em 8/5/2025
configure assumes /usr/bin/make is gmake, and thus make fails on a system where it isn't
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Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 38/100

ncbi/ncbi-vdb#176 · 6 comentários · Aberta em 18/2/2025
v1.0.31 binary shared object issue
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Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

ncbi/stxtyper#12 · 7 comentários · Aberta em 22/1/2025
found incorrect/missing assembly_link_type
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bug

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ncbi/datasets#436 · 1 comentário · Aberta em 10/12/2024

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