RF diffusion colab- RMSD
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 20/100
- Issue-Typ
- Bug
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Ruhig
- Tech-Stack
- jupyter-notebook, python
- Bereich
- bioinformatics, machine-learning
Rechercherichtung
The report concerns the RFdiffusion online Colab workflow and RMSD or peptide placement, but names no files or tests. Start by reproducing the exposed-hotspot peptide design in the Colab notebook and inspect the generated peptide's distance from the selected sites; done would require identifying the cause or documenting reliable guidance.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Hello,
I need some help in RF diffusion- colab- online notebook version.
I have tried several times to design peptides for a protein. The problem is even with exposed hotspots, the peptide can’t reach them and appeared very distant. For instance instead of binding at the upper part of the targeted chain it will stay close to the opposite sites . Later. I tried to pick those opposite sites in different runs it is as well stayed distant. Any tips😊?
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 3.1k
- Forks
- 653
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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