`petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab
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Bewertung
- Schwierigkeit
- 2/5
- Geschätzter Aufwand
- 1-3 Stunden
- Anfängerfreundlichkeit
- 72/100
Rechercherichtung
Beginne im Modul petab.v1.math, in dem petab_math_str sympy-Ausdrücke zurück in PEtab-Strings umwandelt, und reproduziere die drei Aufrufe aus dem Issue, um die Ausgabe mit nan und zoo*x zu sehen. Prüfe, wie sympify_petab den reservierten Namen nan bereits ablehnt, damit die neue Prüfung demselben Muster folgt. Fertig ist, wenn petab_math_str für Ausdrücke, die nan oder zoo enthalten, einen ValueError auslöst, und ein Test beide Fälle abdeckt.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
NaN is not representable in PEtab (v2 spec: NUMERIC excludes NaN; math expressions: "neither is NaN (not-a-number)" supported; nan is a reserved keyword, "undefined in PEtab"). The same holds for sympy's complex infinity zoo.
Nevertheless, petab_math_str prints them, producing files that cannot be read:
import sympy as sp
from petab.v1.math import petab_math_str, sympify_petab
petab_math_str(sp.nan) # 'nan'
petab_math_str(sympify_petab("x / 0")) # 'zoo*x'
sympify_petab("nan") # ValueError: Use of reserved name 'nan'
petab_math_str should raise a ValueError for expressions containing nan or zoo, instead of silently writing invalid PEtab.
🤖 Drafted with AI assistance.
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 18
- Forks
- 9
- Ø Merge
- 1 T. 8 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 21
Entwicklungsumgebung
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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