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`petablint` fails for PEtab v2 problems with only warnings

Offen
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@dweindl arbeitet bereits daran.

Seit 21.10.2026.

  • #569 von @dweindl — offen

Bewertung

Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Anfängerfreundlichkeit
35/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Klar beschrieben
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
python
Bereich
cli, testing

Rechercherichtung

Read the petab/petablint.py exit handling and compare it with the PEtab v1 behavior described in the issue. Check how validation_issues.has_errors() is used and run petablint on a v2 problem that produces only warnings. Done means warnings are logged while the command exits successfully; errors should still produce exit code 1.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

For PEtab v2 problems, petablint exits with 1 if lint_problem returns any issues, including warnings (petab/petablint.py, if validation_issues: ... sys.exit(1)). For PEtab v1, only errors make it fail.

For example, unused conditions are allowed by the specification, and CheckUnusedConditions reports them as WARNING, but petablint still fails:

$ petablint problem.yaml; echo $?
WARNING: Conditions {'pred2', 'pred3', 'pred4', 'pred5'} are not used in the experiments table. [CheckUnusedConditions]
1

(Giordano_Nature2020 from the benchmark collection converted with petab1to2; same for Fujita_SciSignal2010.)

This makes petablint unusable for CI checks of valid v2 problems. Suggested fix: always log the issues, but exit with 1 only if validation_issues.has_errors(). If failing on warnings is wanted, it could be an opt-in flag.

🤖 Generated by an AI agent (Claude Code)

Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
18
Forks
9
Ø Merge
1 T. 8 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
21

Entwicklungsumgebung

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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