Biolinkml Performance Issue

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#54 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
performance

Hướng nghiên cứu

Start by locating the biolink-model evaluator and the handling of the shown CLOSED pattern. Reproduce the slow behavior with the simple test mentioned in the issue, then trace how that pattern leads to combinatorial growth. Done means the evaluator completes the affected case without the reported slowdown; the issue does not name a test file or implementation entry point.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The biolinkml biolink-model evaluator takes a loooong time to complete, even in a simple test. This is due to the pattern:

<C> CLOSED {
    (  $<C_tes> (  &<B_tes> ;
          rdf:type [ <t1> ] ?
       ) ;
       rdf:type [ <t2> ]
    )
}

which, in certain situations, can cause the evaulator to take off on a combinatorial explosion

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
29
Fork
16
Merge trung bình
20 giờ 57 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
9

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của linkml/PyShEx

Tất cả issue của linkml/PyShEx

Issue tương tự

Thêm issue về Performance

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.