Biolinkml Performance Issue

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
performance

Línea de trabajo

Start by locating the biolink-model evaluator and the handling of the shown CLOSED pattern. Reproduce the slow behavior with the simple test mentioned in the issue, then trace how that pattern leads to combinatorial growth. Done means the evaluator completes the affected case without the reported slowdown; the issue does not name a test file or implementation entry point.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

The biolinkml biolink-model evaluator takes a loooong time to complete, even in a simple test. This is due to the pattern:

<C> CLOSED {
    (  $<C_tes> (  &<B_tes> ;
          rdf:type [ <t1> ] ?
       ) ;
       rdf:type [ <t2> ]
    )
}

which, in certain situations, can cause the evaulator to take off on a combinatorial explosion

Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
29
Forks
16
Merge medio
20 h 57 min
PR fusionados (30 d)
9

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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