Biolinkml Performance Issue

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
performance

Direzione di ricerca

Start by locating the biolink-model evaluator and the handling of the shown CLOSED pattern. Reproduce the slow behavior with the simple test mentioned in the issue, then trace how that pattern leads to combinatorial growth. Done means the evaluator completes the affected case without the reported slowdown; the issue does not name a test file or implementation entry point.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

The biolinkml biolink-model evaluator takes a loooong time to complete, even in a simple test. This is due to the pattern:

<C> CLOSED {
    (  $<C_tes> (  &<B_tes> ;
          rdf:type [ <t1> ] ?
       ) ;
       rdf:type [ <t2> ]
    )
}

which, in certain situations, can cause the evaulator to take off on a combinatorial explosion

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
29
Fork
16
Merge medio
20h 57m
PR unite (30g)
9

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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