Workflows: MLP (MACE) and GROMACS as workflow steps

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,019 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
15/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Start from WorkflowSteps::codes(), which lists the existing step types, and from how kGeometryLink passes structures between steps. The work needs design decisions first: how MLP (MACE) and GROMACS fit as step types, and how a GROMACS link would select trajectory frames. Done means both codes can be added as steps, geometry links work into and out of them, and the frame-selection link works, which the maintainers should confirm before implementation.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement

A workflow can chain xTB, CREST, Vina, ORCA, ECCE-QM, Gaussian 16, CP2K, Quantum ESPRESSO, NWChem and MOPAC (WorkflowSteps::codes()). Two codes that are natural ends of a coupled study cannot be a step:

  • MLP (MACE). The MLP help page describes MACE energies as for screening, not for reporting. The step that follows a screen is a refinement, so a MACE step would most often feed QE or CP2K (for example, relax many candidate structures with MACE, then refine the lowest few in QE or CP2K). Today that hand-off is manual: a new calculation from each structure.
  • GROMACS. Hand-offs in both directions: QM-derived charges or a QM-optimised structure into an MD run, and MD snapshots into QM single points or spectra.

Wanted: both codes as workflow step types, with the geometry link (kGeometryLink) working into and out of them; for GROMACS, a link that passes selected frames of a trajectory to the next step. Recipes such as "MACE screen, then QE refinement of the lowest N" would follow.

Found while planning the ECCE by Example manual, whose chapters show coupled computations; until this lands they describe these two hand-offs as manual steps.

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.