Workflows: MLP (MACE) and GROMACS as workflow steps
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 15/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Área
- backend
Línea de trabajo
Start from WorkflowSteps::codes(), which lists the existing step types, and from how kGeometryLink passes structures between steps. The work needs design decisions first: how MLP (MACE) and GROMACS fit as step types, and how a GROMACS link would select trajectory frames. Done means both codes can be added as steps, geometry links work into and out of them, and the frame-selection link works, which the maintainers should confirm before implementation.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
A workflow can chain xTB, CREST, Vina, ORCA, ECCE-QM, Gaussian 16, CP2K, Quantum ESPRESSO, NWChem and MOPAC (WorkflowSteps::codes()). Two codes that are natural ends of a coupled study cannot be a step:
- MLP (MACE). The MLP help page describes MACE energies as for screening, not for reporting. The step that follows a screen is a refinement, so a MACE step would most often feed QE or CP2K (for example, relax many candidate structures with MACE, then refine the lowest few in QE or CP2K). Today that hand-off is manual: a new calculation from each structure.
- GROMACS. Hand-offs in both directions: QM-derived charges or a QM-optimised structure into an MD run, and MD snapshots into QM single points or spectra.
Wanted: both codes as workflow step types, with the geometry link (kGeometryLink) working into and out of them; for GROMACS, a link that passes selected frames of a trajectory to the next step. Recipes such as "MACE screen, then QE refinement of the lowest N" would follow.
Found while planning the ECCE by Example manual, whose chapters show coupled computations; until this lands they describe these two hand-offs as manual steps.
- Lenguaje dominante
- C
- Estrellas
- 10
- Forks
- 8
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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