Workflows: MLP (MACE) and GROMACS as workflow steps
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 15/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Ambito
- backend
Direzione di ricerca
Start from WorkflowSteps::codes(), which lists the existing step types, and from how kGeometryLink passes structures between steps. The work needs design decisions first: how MLP (MACE) and GROMACS fit as step types, and how a GROMACS link would select trajectory frames. Done means both codes can be added as steps, geometry links work into and out of them, and the frame-selection link works, which the maintainers should confirm before implementation.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
A workflow can chain xTB, CREST, Vina, ORCA, ECCE-QM, Gaussian 16, CP2K, Quantum ESPRESSO, NWChem and MOPAC (WorkflowSteps::codes()). Two codes that are natural ends of a coupled study cannot be a step:
- MLP (MACE). The MLP help page describes MACE energies as for screening, not for reporting. The step that follows a screen is a refinement, so a MACE step would most often feed QE or CP2K (for example, relax many candidate structures with MACE, then refine the lowest few in QE or CP2K). Today that hand-off is manual: a new calculation from each structure.
- GROMACS. Hand-offs in both directions: QM-derived charges or a QM-optimised structure into an MD run, and MD snapshots into QM single points or spectra.
Wanted: both codes as workflow step types, with the geometry link (kGeometryLink) working into and out of them; for GROMACS, a link that passes selected frames of a trajectory to the next step. Recipes such as "MACE screen, then QE refinement of the lowest N" would follow.
Found while planning the ECCE by Example manual, whose chapters show coupled computations; until this lands they describe these two hand-offs as manual steps.
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 10
- Fork
- 8
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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