Workflows: MLP (MACE) and GROMACS as workflow steps
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Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 15/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Razoavelmente clara
- Status de atividade
- Ativa
- Domínio
- backend
Direção de pesquisa
Start from WorkflowSteps::codes(), which lists the existing step types, and from how kGeometryLink passes structures between steps. The work needs design decisions first: how MLP (MACE) and GROMACS fit as step types, and how a GROMACS link would select trajectory frames. Done means both codes can be added as steps, geometry links work into and out of them, and the frame-selection link works, which the maintainers should confirm before implementation.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
A workflow can chain xTB, CREST, Vina, ORCA, ECCE-QM, Gaussian 16, CP2K, Quantum ESPRESSO, NWChem and MOPAC (WorkflowSteps::codes()). Two codes that are natural ends of a coupled study cannot be a step:
- MLP (MACE). The MLP help page describes MACE energies as for screening, not for reporting. The step that follows a screen is a refinement, so a MACE step would most often feed QE or CP2K (for example, relax many candidate structures with MACE, then refine the lowest few in QE or CP2K). Today that hand-off is manual: a new calculation from each structure.
- GROMACS. Hand-offs in both directions: QM-derived charges or a QM-optimised structure into an MD run, and MD snapshots into QM single points or spectra.
Wanted: both codes as workflow step types, with the geometry link (kGeometryLink) working into and out of them; for GROMACS, a link that passes selected frames of a trajectory to the next step. Recipes such as "MACE screen, then QE refinement of the lowest N" would follow.
Found while planning the ECCE by Example manual, whose chapters show coupled computations; until this lands they describe these two hand-offs as manual steps.
- Linguagem predominante
- C
- Estrelas
- 10
- Forks
- 8
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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