Diffraction examples: A/B-DNA, α-helix vs coiled coil, β-sheets (silk, cross-β), collagen, polyethylene, cellulose; crystals from the solids

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,016 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
15/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c
Lĩnh vực
data-visualization, documentation

Hướng nghiên cứu

Start with the existing General Chemistry > Diffraction examples, the B-DNA and alpha-helix entries, and the B-DNA test that checks layer-line and meridional positions. Each new example needs sourced coordinates, a short note, and a test for its pattern features, and the help page and example count test must be updated. Done means every listed example is added with a checked note and test, with the helical examples waiting on #991.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement

General Chemistry > Diffraction has B-DNA and an α-helix (fibre) and NaCl, KCl, quartz (crystals). Add examples in pairs that differ in one thing, so the pattern's response to structure is visible:

Biomolecules (fibre)

  • A-DNA next to B-DNA (11 vs 10 bp per turn, 2.6 vs 3.4 Å rise, tilted bases): the cross and the meridional reflection move.
  • α-helix (poly-Ala) next to a two-stranded coiled coil (α-keratin): the 5.4 Å layer line of a straight α-helix becomes 5.1 Å for the coiled coil.
  • β-sheet in two orientations: silk (poly(Gly-Ala) antiparallel sheets, strands along the fibre) and amyloid cross-β (strands across the fibre, e.g. the GNNQQNY steric zipper): the 4.7 Å strand spacing and ~10 Å sheet spacing swap between meridian and equator.
  • Collagen triple helix ((Gly-Pro-Hyp)ₙ): the ~2.9 Å meridional reflection, three chains in one helix.

Polymers (fibre)

  • Polyethylene: planar zig-zag, 2.55 Å repeat.
  • Cellulose Iβ: hydrogen-bonded sheets, 10.4 Å repeat.

Crystals (powder, single crystal), from the Molecular and covalent solids topic: ice, urea, sucrose, diamond, graphite (the 002 layer reflection at 3.35 Å against diamond).

Requirements:

  • Coordinates from a named source in each example's note (Arnott fibre models for A/B-DNA; published silk, collagen and cross-β structures; COD for crystals). A model built rather than taken from a deposition says so.
  • The fibre view keeps the finite-model calculation for non-helical fibres (β-sheets) next to the helical transform of #991; the helical examples come after #991.
  • Notes in the short example style (one 'This calculation shows ...' sentence); the pattern features named in the note are checked by a test (layer-line and meridional/equatorial positions, as the B-DNA test does).
  • Help page and the example count test updated.
Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.