Example: a clay mineral with MINFF built with the Layer Builder (layers, interlayer ions and water, GROMACS)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,017 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
20/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c, python
Lĩnh vực
documentation

Hướng nghiên cứu

Start with the existing Materials Chemistry examples and the Tools > Layer Builder entry in ECCE, then check how GROMACS Prepare handles MINFF typing through atomipy. The work is a worked example: build a clay layer with a substitution, stack it with interlayer ions and water, run Optimize, Equilibrate (NPT) and Dynamics, then analyse d(001), density profiles and the powder 001 reflection. It is done when the topology charges match the intended layer charge and d(001) is compared with a named published value.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement

There is no example of MINFF (the min.ff mineral force field ECCE bundles with atomipy) or of building a layered material with the Layer Builder. Wanted, in the Materials Chemistry examples (and as a worked chapter of the manual):

  1. The layer: a clay layer from a published crystal structure (e.g. pyrophyllite or a montmorillonite model, from COD/AMCSD, source named), with its cell, in the Builder; isomorphic substitution (Al→Mg in the octahedral sheet, or Si→Al in the tetrahedral sheet) to give the layer charge, done in ECCE.
  2. The stack: Tools > Layer Builder: number of layers, interlayer spacing, shift; interlayer counter-ions (Na⁺) and water filled into the gaps.
  3. MINFF in GROMACS: GROMACS Prepare with MINFF (atomipy typing, ion parameter set HFE or IOD, minimum ion distance for a thin interlayer, #363), then Optimize, Equilibrate (NPT, so the interlayer spacing relaxes) and Dynamics.
  4. What it shows: the basal spacing d(001) against water content (one-layer and two-layer hydrates), the ion and water density profiles across the interlayer (MD Analysis > Density profile along c), and the powder pattern's 001 reflection from the equilibrated cell (Diffraction), which is what an XRD measurement of a clay reports.

Checks: the topology charges sum to the intended layer charge; the equilibrated d(001) compared with a published value for the same hydration state (source named). Force-field choices (MINFF version, ion set, water model) stated in the annotation; anything not checked against a published MINFF study is labelled as such. Notes in the short example style.

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.