Extension to correlated observables
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Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Estagnada
- Domínio
- data
Direção de pesquisa
No files or tests are identified in the issue. Start by reviewing the PEtab observable and noise-model specifications, then determine how correlation groups for phospho-peptide measurements should be represented. Done means the format is agreed and PEtab supports specifying and interpreting those relationships.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Which problem would you like to address? Please describe.
Mapping of phospho-peptides to protein phospho sites can be ambiguous, leading to correlations in the measured data. This could be captured in the noise model, but PEtab currently doesn't allow the specification of such relationships.
Describe the solution you would like
Extend the PEtab to allow the specification of correlation groups. Specific format would have to be discussed.
Describe alternatives you have considered
Alternative is probably summation of observables to avoid errors from unaccounted correlations.
- Linguagem predominante
- Sem dados de linguagem
- Estrelas
- 67
- Forks
- 16
- Merge médio
- 1d 19h
- PRs com merge (30d)
- 1
Preparar o ambiente
- Sem Dockerfile nem arquivo Docker Compose
- Sem modelo de pull request
- Ler o guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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