Extension to correlated observables
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- data
Hướng nghiên cứu
No files or tests are identified in the issue. Start by reviewing the PEtab observable and noise-model specifications, then determine how correlation groups for phospho-peptide measurements should be represented. Done means the format is agreed and PEtab supports specifying and interpreting those relationships.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Which problem would you like to address? Please describe.
Mapping of phospho-peptides to protein phospho sites can be ambiguous, leading to correlations in the measured data. This could be captured in the noise model, but PEtab currently doesn't allow the specification of such relationships.
Describe the solution you would like
Extend the PEtab to allow the specification of correlation groups. Specific format would have to be discussed.
Describe alternatives you have considered
Alternative is probably summation of observables to avoid errors from unaccounted correlations.
- Ngôn ngữ chính
- Không có dữ liệu ngôn ngữ
- Star
- 67
- Fork
- 16
- Merge trung bình
- 1 ngày 19 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của PEtab-dev/PEtab
-
v2: Allow infinite `nominalValue`Có thể đã có người làm @dweindl đã nhận 2 ngày trước. Đang mở
Độ khó 4/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
PEtab-dev/PEtab#685 · 1 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
v2
Độ khó 4/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Docs: v1→v2 migration guide (incl. parameter scaling) and comparing objective values across toolsCó thể đã có người làm @dweindl đã nhận 12 ngày trước. Đang mởdocumentation
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise modelsCó thể đã có người làm @dweindl đã nhận 328 ngày trước. Đang mởv2
PEtab-dev/PEtab#653 · 3 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
Tất cả issue của PEtab-dev/PEtab
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
nansencenter/geodataset#39 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 62/100
elder-plinius/V3R1T4S#780 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Add: K+ Sport 2 LogoĐang mởcheck:passed logos:add
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 6 ngày