Extension to correlated observables
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100
- Issue-Typ
- Feature
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Bereich
- data
Rechercherichtung
No files or tests are identified in the issue. Start by reviewing the PEtab observable and noise-model specifications, then determine how correlation groups for phospho-peptide measurements should be represented. Done means the format is agreed and PEtab supports specifying and interpreting those relationships.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Which problem would you like to address? Please describe.
Mapping of phospho-peptides to protein phospho sites can be ambiguous, leading to correlations in the measured data. This could be captured in the noise model, but PEtab currently doesn't allow the specification of such relationships.
Describe the solution you would like
Extend the PEtab to allow the specification of correlation groups. Specific format would have to be discussed.
Describe alternatives you have considered
Alternative is probably summation of observables to avoid errors from unaccounted correlations.
- Vorherrschende Sprache
- Keine Sprachdaten
- Sterne
- 67
- Forks
- 16
- Ø Merge
- 1 T. 19 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Entwicklungsumgebung
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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