Hacktoberfest 2026: as issues que os mantenedores marcaram para outubro, abertas e boas para iniciantes. Ver issues do Hacktoberfest

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PEtab-dev

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  • `petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directory
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 73/100

    PEtab-dev/libpetab-python#566 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • v2: Update parameter table validation for PEtab 2.0 erratum E1 (infinite bounds)
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 55/100

    PEtab-dev/libpetab-python#565 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • v2: linter doesn't check that placeholder IDs are unique
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

    PEtab-dev/libpetab-python#555 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • `sympify_petab` returns `Integer` for Python/numpy integers, but `Float` for numeric strings
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 50/100

    PEtab-dev/libpetab-python#553 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Collect minor spec inconsistencies and clean-ups for the next PEtab version
    Aberta
    • Algo errado?
    v2

    Dificuldade 4/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 20/100

    PEtab-dev/PEtab#681 · 2 comentários ·

  • `petab_math_str` writes `nan` and `zoo`, which are not valid PEtab
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#549 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • v2: writing a problem reformats all math expressions, including unchanged ones
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 30/100

    PEtab-dev/libpetab-python#548 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • `ExperimentsToSbmlConverter`: "no priority set" warning is unreachable
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#525 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Update notebooks in used in the docs to execute
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

    PEtab-dev/petab_sciml#94 ·

  • Update neural ODE helper for petab v2 specifications
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 68/100

    PEtab-dev/petab_sciml#93 ·

  • An estimated parameter is silently dropped from the simulation mapping when the model cannot give it a value
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

    PEtab-dev/libpetab-python#522 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Condition-table override referencing a parameter with a non-numeric InitialAssignment crashes with an opaque KeyError
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 72/100

    PEtab-dev/libpetab-python#519 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Improve model abstractions
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#518 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Consider extending the test suite to BNGL
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#117 ·

  • Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case)
    Aberta
    • Algo errado?
    v2 validation

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Testability and Further Modularization
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    help wanted improvement WIP

    PEtab-dev/PEtab-GUI#256 · 1 responsável ·

  • `Find`: also search SBML / antimony model
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#255 ·

  • Support for PEtab 2.0
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#234 · 1 responsável ·

  • Linter
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    PEtab-dev/petab_sciml#69 · 7 comentários · 1 responsável ·

  • Automatic hybridization of NN model inputs and outputs
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 42/100

    PEtab-dev/petab_sciml#66 ·

  • Minor issues when saving file
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    bug enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#231 · 1 comentário · 1 responsável ·

  • Bug in Observable Table
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#230 ·

  • Intelligent Default Plotting
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#223 ·

  • Add design principles page
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 38/100

    PEtab-dev/petab_sciml#50 · 4 comentários ·

  • v2: Combining experiment and condition tables
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/PEtab#657 · 1 comentário ·

  • Include residuals and likelihoods in simulation tables
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#100 ·

  • Support for discrete noise distributions
    Aberta
    • Algo errado?
    v2

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#466 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Add tests for all noise distributions
    Aberta
    • Algo errado?
    new test case v2

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/petab_test_suite#95 ·

  • Add CLI for petab v1->v2 conversion
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#453 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Docs ways to inspect model selection results
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/petab_select#163 ·

  • Doc unusual behavior of forward/backward methods
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/petab_select#162 ·

  • Improve legend placement
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 42/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#191 ·

  • Linting Discussion
    Aberta
    • Algo errado?
    discussion enhancement

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#183 · 1 comentário ·

  • Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#439 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Remember last save-as-directory
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    PEtab-dev/PEtab-GUI#136 · 1 responsável ·

  • Suggestions for "Add column"
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#128 ·

  • Use plotName in plot tabs
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#125 ·

  • Show wait cursor during long-running operations
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 38/100

    PEtab-dev/PEtab-GUI#124 ·

  • API for renaming PEtab entities
    Aberta
    • Algo errado?
    enhancement

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#438 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Test suite TODO
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 15/100

    PEtab-dev/petab_sciml_testsuite#9 · 3 comentários ·

  • Remove `v2.Problem.*_df`
    Aberta
    • Algo errado?
    v2

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    PEtab-dev/libpetab-python#409 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • v2: Add how-tos
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/PEtab#637 · 2 comentários · 2 reações ·

  • v2: Visualization functions
    Aberta
    • Algo errado?
    v2

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    PEtab-dev/libpetab-python#398 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Document release process
    Aberta
    • Algo errado?
    documentation

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/libpetab-python#396 ·

    Mantenedores costumam responder em até 1 dia

  • Documentation TODOs
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

    PEtab-dev/petab_sciml#23 · 1 comentário ·

  • Subset priors
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    PEtab-dev/petab_select#159 · 1 reação · 1 responsável ·

  • Change RTD blue square to avoid clash with logo text
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/petab_select#158 ·

  • v2: add clarification sentence about simulation start time and end times
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    PEtab-dev/PEtab#626 · 4 comentários ·

  • split standard and package into separate repos
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 15/100

    PEtab-dev/petab_select#157 ·

  • `analyze.compute_weights` does not permit a `str`-type criterion argument
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 42/100

    PEtab-dev/petab_select#156 ·

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