Extension to correlated observables
Personne n'a encore pris cette issue.
Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Domaine
- data
Piste de recherche
No files or tests are identified in the issue. Start by reviewing the PEtab observable and noise-model specifications, then determine how correlation groups for phospho-peptide measurements should be represented. Done means the format is agreed and PEtab supports specifying and interpreting those relationships.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Which problem would you like to address? Please describe.
Mapping of phospho-peptides to protein phospho sites can be ambiguous, leading to correlations in the measured data. This could be captured in the noise model, but PEtab currently doesn't allow the specification of such relationships.
Describe the solution you would like
Extend the PEtab to allow the specification of correlation groups. Specific format would have to be discussed.
Describe alternatives you have considered
Alternative is probably summation of observables to avoid errors from unaccounted correlations.
- Langage dominant
- Aucune donnée de langage
- Étoiles
- 67
- Forks
- 16
- Merge moyen
- 1 j 19 h
- PR mergées (30 j)
- 1
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
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