API to change output suffix to .gz
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评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 45/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
调研方向
首先定位 writeVcf() 的实现及其相关测试。检查 index=TRUE 如何处理 .vcf、.vcf.bgz 和 .vcf.gz 输出名称。完成的标准是：请求的 .vcf.gz 路径按指定方式写入，不会被静默更改为 .vcf.bgz，并且测试覆盖这些情况。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
The majority of VCF handling bioinformatics libraries use a .vcf.gz suffix, even for block gziped output. writeVcf() with index=TRUE does not support this and forceably sets the suffix to .bgz.
The following commands do exactly the same thing:
writeVcf(vcf, "example.vcf", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.bgz", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.gz", index=TRUE)
Desired behaviour: specifying a .vcf.gz as the output file, actually writes to the output file instead of silently changing the suffix of the output file to .vcf.bgz.
- 主要语言
- R
- 星标
- 32
- 派生
- 21
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
贡献指南
这个仓库没有索引到贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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