API to change output suffix to .gz
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza localizando la implementación de writeVcf() y sus pruebas relacionadas. Comprueba cómo index=TRUE gestiona los nombres de salida .vcf, .vcf.bgz y .vcf.gz. Se considera completado cuando una ruta .vcf.gz solicitada se escribe tal como se especifica, sin cambiarse silenciosamente a .vcf.bgz, y hay pruebas que cubren estos casos.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
The majority of VCF handling bioinformatics libraries use a .vcf.gz suffix, even for block gziped output. writeVcf() with index=TRUE does not support this and forceably sets the suffix to .bgz.
The following commands do exactly the same thing:
writeVcf(vcf, "example.vcf", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.bgz", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.gz", index=TRUE)
Desired behaviour: specifying a .vcf.gz as the output file, actually writes to the output file instead of silently changing the suffix of the output file to .vcf.bgz.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 32
- Forks
- 21
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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