API to change output suffix to .gz
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách xác định phần triển khai của writeVcf() và các bài kiểm thử liên quan. Kiểm tra cách index=TRUE xử lý tên đầu ra .vcf, .vcf.bgz và .vcf.gz. Hoàn thành khi một đường dẫn .vcf.gz được yêu cầu được ghi đúng như chỉ định mà không bị âm thầm đổi thành .vcf.bgz, và có các bài kiểm thử bao phủ những trường hợp này.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
The majority of VCF handling bioinformatics libraries use a .vcf.gz suffix, even for block gziped output. writeVcf() with index=TRUE does not support this and forceably sets the suffix to .bgz.
The following commands do exactly the same thing:
writeVcf(vcf, "example.vcf", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.bgz", index=TRUE)
writeVcf(vcf, "example.vcf.gz", index=TRUE)
Desired behaviour: specifying a .vcf.gz as the output file, actually writes to the output file instead of silently changing the suffix of the output file to .vcf.bgz.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 32
- Fork
- 21
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/VariantAnnotation
-
refactor the package Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 bình luận ·
-
Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reaction · 2 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 bình luận ·
Tất cả issue của Bioconductor/VariantAnnotation
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
robjhyndman/forecast#1220 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
JamesHWade/deputy#192 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
bug triage_needed
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
pharmaverse/rtables#1123 · 1 bình luận · 1 reaction ·