ITS Plant Coverage
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
- 領域
- bioinformatics, data
調査の方向性
Start by locating the complete species list, sequence reads file, OTU-Taxon linker file, and any existing voucher or TrnL/ITS analysis. Work through each checklist question, including the proposed ITS OTU-Taxon linker and BLAST comparison. Done means the requested counts, flagged shared OTUs, and candidate external sequences are documented.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
-
How many voucher species from that list have had TrnL run
-
How many have a "good" ITS read?
-
How many species on the complete species list do we find being identified in the poop samples that we do not have vouchers for (i.e. they are identified at the species level in the sequence reads file)
-
How many species from our complete list have a ITS sequence in the OTU-Taxon linker file but the sequence is identical to other species? (this one will require us to create a ITS OTU-Taxon linker)
-
For species with a OTUID that is shared with other species in the OTU-Taxon Linker, is there only one species from our site in that group? (i.e. do we feel like we could assign that OTU to one of our species as a flagged low-quality DNA sequence)?
-
Check our species list against BLAST, are there high quality sequences in the database that we could add to ours with a source flag to indicate that we did not run a voucher speciment but are "latin name" matching with BLAST?
- 主要言語
- R
- スター
- 0
- フォーク
- 1
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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