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ITS Plant Coverage

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
bioinformatics, data

Direzione di ricerca

Start by locating the complete species list, sequence reads file, OTU-Taxon linker file, and any existing voucher or TrnL/ITS analysis. Work through each checklist question, including the proposed ITS OTU-Taxon linker and BLAST comparison. Done means the requested counts, flagged shared OTUs, and candidate external sequences are documented.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

  • How many voucher species from that list have had TrnL run

  • How many have a "good" ITS read?

  • How many species on the complete species list do we find being identified in the poop samples that we do not have vouchers for (i.e. they are identified at the species level in the sequence reads file)

  • How many species from our complete list have a ITS sequence in the OTU-Taxon linker file but the sequence is identical to other species? (this one will require us to create a ITS OTU-Taxon linker)

  • For species with a OTUID that is shared with other species in the OTU-Taxon Linker, is there only one species from our site in that group? (i.e. do we feel like we could assign that OTU to one of our species as a flagged low-quality DNA sequence)?

  • Check our species list against BLAST, are there high quality sequences in the database that we could add to ours with a source flag to indicate that we did not run a voucher speciment but are "latin name" matching with BLAST?

Lingua principale
R
Stelle
0
Fork
1
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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