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ITS Plant Coverage

Ouverte
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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
25/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
bioinformatics, data

Piste de recherche

Start by locating the complete species list, sequence reads file, OTU-Taxon linker file, and any existing voucher or TrnL/ITS analysis. Work through each checklist question, including the proposed ITS OTU-Taxon linker and BLAST comparison. Done means the requested counts, flagged shared OTUs, and candidate external sequences are documented.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

  • How many voucher species from that list have had TrnL run

  • How many have a "good" ITS read?

  • How many species on the complete species list do we find being identified in the poop samples that we do not have vouchers for (i.e. they are identified at the species level in the sequence reads file)

  • How many species from our complete list have a ITS sequence in the OTU-Taxon linker file but the sequence is identical to other species? (this one will require us to create a ITS OTU-Taxon linker)

  • For species with a OTUID that is shared with other species in the OTU-Taxon Linker, is there only one species from our site in that group? (i.e. do we feel like we could assign that OTU to one of our species as a flagged low-quality DNA sequence)?

  • Check our species list against BLAST, are there high quality sequences in the database that we could add to ours with a source flag to indicate that we did not run a voucher speciment but are "latin name" matching with BLAST?

Langage dominant
R
Étoiles
0
Forks
1
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

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