Create ITS OTU pipeline
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
調査の方向性
Start by reviewing the repository and the completed FASTA input containing ITS sequences and stable identifiers. Define the per-run FASTA inputs, then complete the sequence-matching step and replace each run's JV ITS OTU with its stable identifier; done means all unchecked checklist items work for a sample run.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
If they are regenerating OTUs for ITS each time they run samples, we need a pipeline that will take their OTU and translate that into a stable identifier. To do this we need:
-
FASTA file with ITS sequences and our identifier
-
FASTA ITS files for each time they run samples
-
Code that matches the FASTA sequences from a run with our stable sequence identifiers
-
Replace the JV ITS sequence OTU in all files from that run with our stable identifier.
- 主要言語
- R
- スター
- 0
- フォーク
- 1
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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