Format fecal data to relative reads
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
調査の方向性
Start by reviewing the fecal_sample_collection entries and the trnL_fecal, weetu_fecal_data, and ITS_fecal_data datasets mentioned in the checklist. Confirm which total-read fields are present, identify the remaining datasets requiring relative reads, and determine the repository's existing approach to data-processing scripts. Done means the remaining total-read fields and relative-read conversions are complete and a reusable script is documented or added.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
We decided to convert raw reads to relative reads for the fecal_data files because the fecal data we will be using as relative reads and converting them to relatives every time will become computationally expensive as the dataset grows. To be able to convert back to raw reads, we are adding total reads to the sample entries in fecal_sample_collection.
-
Add TrnL total reads to fecal_sample_collection
-
Add ITS total reads to fecal_sample_collection
-
Make sure data is in relative reads in trnL_fecal data
-
Make sure data is in relative reads in weetu_fecal_data
-
Make sure data is in relative reads in ITS_fecal_data
-
Write script to make this process simpler in the future
- 主要言語
- R
- スター
- 0
- フォーク
- 1
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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