Create ITS OTU pipeline
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Start by reviewing the repository and the completed FASTA input containing ITS sequences and stable identifiers. Define the per-run FASTA inputs, then complete the sequence-matching step and replace each run's JV ITS OTU with its stable identifier; done means all unchecked checklist items work for a sample run.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
If they are regenerating OTUs for ITS each time they run samples, we need a pipeline that will take their OTU and translate that into a stable identifier. To do this we need:
-
FASTA file with ITS sequences and our identifier
-
FASTA ITS files for each time they run samples
-
Code that matches the FASTA sequences from a run with our stable sequence identifiers
-
Replace the JV ITS sequence OTU in all files from that run with our stable identifier.
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 0
- Fork
- 1
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của weecology/Metabarcoding
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
weecology/Metabarcoding#26 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
weecology/Metabarcoding#24 ·
-
Clean plant taxonomyĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
weecology/Metabarcoding#22 ·
-
Remove hard pathsĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
weecology/Metabarcoding#15 · 6 bình luận ·
-
General Metabarcoding TutoringĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
Tất cả issue của weecology/Metabarcoding
Issue tương tự
-
Update bencher from token to keyĐang mởbug triage
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 64/100
-
Broken link to R cheatsheetĐang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
-
BC Aquarius drops end_dateĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
HakaiInstitute/hydrocan#35 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100