Create ITS OTU pipeline
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
调研方向
Start by reviewing the repository and the completed FASTA input containing ITS sequences and stable identifiers. Define the per-run FASTA inputs, then complete the sequence-matching step and replace each run's JV ITS OTU with its stable identifier; done means all unchecked checklist items work for a sample run.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
If they are regenerating OTUs for ITS each time they run samples, we need a pipeline that will take their OTU and translate that into a stable identifier. To do this we need:
-
FASTA file with ITS sequences and our identifier
-
FASTA ITS files for each time they run samples
-
Code that matches the FASTA sequences from a run with our stable sequence identifiers
-
Replace the JV ITS sequence OTU in all files from that run with our stable identifier.
- 主要语言
- R
- 星标
- 0
- 派生
- 1
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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