Create ITS OTU pipeline
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start by reviewing the repository and the completed FASTA input containing ITS sequences and stable identifiers. Define the per-run FASTA inputs, then complete the sequence-matching step and replace each run's JV ITS OTU with its stable identifier; done means all unchecked checklist items work for a sample run.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
If they are regenerating OTUs for ITS each time they run samples, we need a pipeline that will take their OTU and translate that into a stable identifier. To do this we need:
-
FASTA file with ITS sequences and our identifier
-
FASTA ITS files for each time they run samples
-
Code that matches the FASTA sequences from a run with our stable sequence identifiers
-
Replace the JV ITS sequence OTU in all files from that run with our stable identifier.
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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