Create ITS OTU pipeline
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start by reviewing the repository and the completed FASTA input containing ITS sequences and stable identifiers. Define the per-run FASTA inputs, then complete the sequence-matching step and replace each run's JV ITS OTU with its stable identifier; done means all unchecked checklist items work for a sample run.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
If they are regenerating OTUs for ITS each time they run samples, we need a pipeline that will take their OTU and translate that into a stable identifier. To do this we need:
-
FASTA file with ITS sequences and our identifier
-
FASTA ITS files for each time they run samples
-
Code that matches the FASTA sequences from a run with our stable sequence identifiers
-
Replace the JV ITS sequence OTU in all files from that run with our stable identifier.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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