createTaxonTable - wide vs. narrow form
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評価
調査の方向性
まず createTaxonTable() のエントリーポイントを見つけ、taxonomy、n_signatures、metaphlan name を含めて、現在の列がどのように組み立てられているかを確認します。テーブルの形を決める前に、taxonomy 内で domain がどのように表現されているかを確認します。デフォルトの Simple 形式が列 1–6 を返し、Full が要求された taxonomy 列と metaphlan name を含み、n_signatures が指定どおりに解決されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Right now, createTaxonTable() outputs a very wide tibble with the entire taxonomy of the taxon presented as columns 7-13. This has some issues:
- It does not support domain which was added to the taxonomy so all the taxonomy is currently wrong
- It includes a column called "n_signatures" which I'm not sure what this means
- It also includes the metaphan name which feels unnecessary
Changes to this function should include:
- Remove n_signatures if it's not displaying anything useful
- Add an argument like "format = 'Full'/'Simple' " where full displays the full taxonomy columns and metaphlan name while simple only displays columns 1-6 and "Simple" is the default for that argument
- 主要言語
- R
- スター
- 4
- フォーク
- 18
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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