BufferedSamRecords::new() reserves 10,000 records per read
メンテナーはふだん 4 日以内に返信
まだ誰も着手していません。
- #281 @BenjaminDEMAILLE による — マージされずにクローズ
評価
- 難易度
- 1/5
- 見積もり時間
- 1時間未満
- 初心者へのやさしさ
- 88/100
- issue の種類
- リファクタリング
- 明瞭さ
- 明確に書かれている
- 活発さ
- 活発
- 技術スタック
- rust
調査の方向性
src/io/sam.rs の BufferedSamRecords::new() から始め、その呼び出し元を調べて、バッチ単位ではなく read 単位で作成されていることを確認します。バッチレベルでの大きな予約を維持しつつ、read ごとの容量を小さい値またはゼロに変更します。各 read に対する 10,000 レコードの割り当てを回避し、バッチレベルの予約を削除していなければ完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
BufferedSamRecords::new() in src/io/sam.rs pre-allocates capacity for 10,000 records, but it is created per read, not per batch. That is a large allocation (and free) on every read, for a buffer that typically holds 1 to a few records.
Found while working on #278.
Fix: size it for the per-read case (small or zero capacity), and keep any large reservation at the batch level.
Tracking: #277
🤖 Generated with Claude Code
- 主要言語
- Rust
- スター
- 91
- フォーク
- 9
- 平均マージ
- 16時間 43分
- マージ済み PR（30日）
- 22
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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