BufferedSamRecords::new() reserves 10,000 records per read
I maintainer di solito rispondono entro 4 giorni
Nessuno ha ancora preso questa issue.
- #281 di @BenjaminDEMAILLE — chiusa senza merge
Valutazione
- Difficoltà
- 1/5
- Tempo stimato
- Meno di un'ora
- Idoneità per principianti
- 88/100
- Tipo di issue
- Refactoring
- Chiarezza
- Specificata chiaramente
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, performance
Direzione di ricerca
Inizia in src/io/sam.rs, da BufferedSamRecords::new(), e ispeziona i suoi chiamanti per confermare che venga creato per lettura anziché per batch. Modifica la capacità per lettura impostandola su un valore piccolo o zero, preservando al contempo qualsiasi prenotazione elevata a livello di batch. Il lavoro è completato quando si evita l'allocazione di 10.000 record per ogni lettura senza rimuovere la prenotazione a livello di batch.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
BufferedSamRecords::new() in src/io/sam.rs pre-allocates capacity for 10,000 records, but it is created per read, not per batch. That is a large allocation (and free) on every read, for a buffer that typically holds 1 to a few records.
Found while working on #278.
Fix: size it for the per-read case (small or zero capacity), and keep any large reservation at the batch level.
Tracking: #277
🤖 Generated with Claude Code
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 91
- Fork
- 9
- Merge medio
- 16h 43m
- PR unite (30g)
- 22
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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