scverse/scanpy

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Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.

スター: 2.6k
フォーク: 779
オープンの初心者向け issue: 6
索引済み issue: 444
平均マージ: 1日 4時間
マージ済み PR（30日）: 27

主要言語: Python
ライセンス: BSD-3-Clause
最終 GitHub push: 2026年9月17日
最新の索引: 2026年9月19日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイド
行動規範: 行動規範
初心者向けラベル: good first issue help wanted

初心者向けすべて

オープンすべて

`highly_variable_genes` with `batch_key` and `subset=True` keeps the wrong genes when `n_top_genes` is not set オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 84/100

scverse/scanpy#4370 · 2026年9月17日に作成
`anndata.acc` based API for `obs_df`,`var_df` オープン

Area – API

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

scverse/scanpy#4360 · 2026年9月11日に作成
`calculate_qc_metrics(use_raw=True)` labels `.raw`'s matrix with `adata.var` オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 58/100

scverse/scanpy#4347 · 2026年9月6日に作成
The `.uns` output for `scanpy.pp.highly_variable_genes` is not documented オープン

Triage 🩺

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

scverse/scanpy#4341 · 2026年9月3日に作成
`rank_genes_groups(method="t-test", mean_in_log_space=False)` runs the t-test on exponentiated values オープン

Triage 🩺

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

scverse/scanpy#4336 · 2026年9月2日に作成
sc.external.exporting.cellbrowser: cellbrowser_raw_data\sample_colors.tsv does not exist, skipping it An exception has occurred, use %tb to see the full traceback. オープン

Triage 🩺

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 65/100

scverse/scanpy#4335 · 2026年9月2日に作成
`anndata.acc` replacement for functions taking `obsm`, `layer`, … オープン

Area – API

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/scanpy#4334 · 2026年9月1日に作成
sc.pl.paga raises TypeError when cax is passed with multiple colors オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 82/100

scverse/scanpy#4318 · 2026年8月22日に作成
Split up rank_genes_groups オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/scanpy#4305 · 2026年8月18日に作成
Pre 2.0 janitor work オープン

Area - Documentation 📒 Area – Performance 🐌 Area – Preprocessing 🧼

scverse/scanpy#4286 · 担当者 1 名 · 2026年8月10日に作成
log1p warning when modifying several layers オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

scverse/scanpy#4285 · コメント 2 件 · 2026年8月7日に作成
pp.regress_out returns wrong residuals when a covariate barely varies オープン

scverse/scanpy#4280 · 担当者 1 名 · 2026年8月5日に作成
Investigate our neighbors algorithm choice オープン

Area - Topology 🍩

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#4131 · コメント 15 件 · 2026年5月19日に作成
wilcoxon DE, vs_all_perturbed オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#4114 · コメント 14 件 · 2026年5月8日に作成
Investigate `networkit` (for `leiden` implementation) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

scverse/scanpy#4110 · コメント 4 件 · 2026年5月7日に作成
Automatically using Dask for large datasets when necessary オープン

Area - Out of core 💾

scverse/scanpy#4095 · コメント 14 件 · 担当者 3 名 · 2026年4月28日に作成
`sc.get.aggregate` memory leak for Dask array オープン

Area - Out of core 💾

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#4074 · 2026年4月18日に作成
Add `layer` parameter to `read_10x_*` functions オープン

Area - IO

scverse/scanpy#4071 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年4月17日に作成
modernize datasets オープン

Area - Datasets

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#4044 · 2026年4月9日に作成
Opinionated defaults for 2.0 オープン

Area – API

scverse/scanpy#4008 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月23日に作成
`anndata.acc` based API オープン

Area – API

scverse/scanpy#4007 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月23日に作成
seaborn is broken with pandas 3: Violin plots squished, points misaligned オープン

Area - Plotting 🌺 Upstream

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

scverse/scanpy#3991 · コメント 2 件 · 2026年2月26日に作成
Mislocation of colorbar legend by `sc.pl.scatter` オープン

Area - Plotting 🌺

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#3963 · 2026年1月30日に作成
Add Poisson Gene Selection to HVG オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/scanpy#3956 · リアクション 1 件 · 2026年1月26日に作成
[RFC] Refactoring Scanpy's Numba Backend: C-Style Kernel Layer & Biology-Optimized Sparse Matrices オープン

scverse/scanpy#3944 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 · 2026年1月12日に作成
Integration Testing CI Test Failure on python 3.13 オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3935 · 2026年1月7日に作成
[RFC] Proposal: Architecture Modernization – Native Kernels, Model Hub & Lazy Dependencies オープン

Area – Performance 🐌 Needs info❔

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

scverse/scanpy#3934 · コメント 8 件 · 2025年12月24日に作成
Order of pts and pts_rest in rank_genes_groups results doesn't match other fields in adata.uns["rank_genes_groups"] オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3930 · 2025年12月22日に作成
Add TAU as an optional clustering method in Scanpy オープン

Area - Community

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#3919 · コメント 14 件 · 2025年12月15日に作成
`pp.regress_out` fails with to many CPU-Cores オープン

scverse/scanpy#3910 · 担当者 1 名 · 2025年12月11日に作成
Exposing some functions `squidpy` uses オープン

Area – API

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

scverse/scanpy#3891 · 2025年11月12日に作成
Highly Variable Genes Selection using CSC `dask` オープン

Area - Out of core 💾 Area – Performance 🐌

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3862 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2025年10月30日に作成
Implementation of `sc.tl.score_genes` doesn't match reference オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

scverse/scanpy#3845 · コメント 2 件 · 2025年10月23日に作成
Support values_to_plot in pl.rank_genes_groups_matrixplot and pl.rank_genes_groups_heatmap (parity with dotplot) オープン

Area - Plotting 🌺

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

scverse/scanpy#3842 · コメント 1 件 · 2025年10月21日に作成
Regressing out variables in pearson residual normalization (SCTransform) オープン

Needs info❔

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3838 · コメント 1 件 · 2025年10月20日に作成
Improve flexibility of `sc.pp.scrublet()` オープン

Needs info❔

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

scverse/scanpy#3837 · コメント 6 件 · 2025年10月17日に作成
Export more types オープン

Area – API

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#3826 · コメント 3 件 · 2025年10月2日に作成
Apple Silicon: Accelerate or openBLAS for Numpy オープン

Question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/scanpy#3823 · コメント 2 件 · 2025年9月30日に作成
Unexpected number of non-zero distances when running `sc.pp.neighbors` with `transformer="pynndescent"` オープン

Area - Topology 🍩

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 62/100

scverse/scanpy#3809 · コメント 5 件 · 2025年9月21日に作成
Custom neighbor transformers with variable neighbor count <= k fail オープン

Area - Topology 🍩

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

scverse/scanpy#3806 · コメント 1 件 · 2025年9月19日に作成
Inconsistency of `basis` argument in plotting functions オープン

Area - Plotting 🌺

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

scverse/scanpy#3803 · コメント 1 件 · 2025年9月18日に作成
replace remaining utils with fast-array-utils オープン

Development Process 🚀

scverse/scanpy#3784 · 担当者 1 名 · 2025年9月4日に作成
sc.pp.scale changes adata.raw.X オープン

Needs info❔

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3756 · コメント 4 件 · 2025年7月31日に作成
Don’t create AnnData objects with duplicate var/obs names in sc.datasets オープン

breaking change ‼️

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

scverse/scanpy#3729 · 2025年7月22日に作成
Column-wise `dask` `map_blocks` オープン

Meta

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

scverse/scanpy#3723 · 2025年7月21日に作成
Refactor `BasePlot` not to create a dataframe representation of the data オープン

Area - Plotting 🌺 Area – Performance 🐌 good first issue

scverse/scanpy#3718 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 · 2025年7月18日に作成
sc.pl.dotplot is surprisingly ineffective for subsets of data オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

scverse/scanpy#3717 · コメント 3 件 · 2025年7月17日に作成
Investigate IRLBA オープン

scverse/scanpy#3673 · 担当者 1 名 · 2025年6月6日に作成
Error when running sc.tl.rank_genes_groups オープン

Needs info❔

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

scverse/scanpy#3671 · コメント 2 件 · 2025年6月6日に作成
Plotting a subset of the data with a dendrogram in e.g. dotplot should retain the dendrogram ordering オープン

Area - Plotting 🌺

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

scverse/scanpy#3668 · コメント 1 件 · 2025年6月4日に作成

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