Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

nf-core/methylseq

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Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark/bwa-meth + MethylDackel or bwa-mem + rastair

nf-core/methylseq は初心者に優しい？

nf-core/methylseq への外部コントリビューターの PR が最近は少なく、どのくらいマージされるかはまだ言えません。 初心者向けの issue が現在 3 件オープンです。

スター
201
フォーク
182
オープンの初心者向け issue
3
索引済み issue
28
平均マージ
45分
マージ済み PR（30日）
1
主要言語
Nextflow
ライセンス
MIT
最終 GitHub push
2026年10月7日
最新の索引
2026年9月19日
コントリビューションガイド
行動規範
初心者向けラベル
初心者向けラベルは索引されていません

nf-core/methylseq にコントリビュートするには

  1. まずコントリビューションガイドを読みましょう。変更の提案、テスト、レビューの進め方が書かれています。
  2. このプロジェクトには dev container があります。Codespaces で開くと、ブラウザですぐに開発環境が手に入ります。
  3. 行動規範も読んでおきましょう。チャットだけでなく issue や PR にも適用されます。
  4. 下にある 3 件の初心者向けのオープンな issue から 1 つ選び、作業を始める前に取り組みたいとコメントしましょう。
初心者向け すべて
オープン すべて

誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

  • bwa-mem3 support
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

    nf-core/methylseq#630 ·

  • Add UMI support
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

    nf-core/methylseq#629 ·

  • Add 5-bases Illumina kit support
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

    nf-core/methylseq#619 · リアクション 1 件 ·

  • Adopt combined-index Bismark alignment modes / rethink the --multicore default (Bismark 3.1.0)
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#615 · コメント 3 件 ·

  • Calling variants with rastair in the TAPS branch
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nf-core/methylseq#611 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 ·

  • bwameth symlink bug
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

    nf-core/methylseq#608 · コメント 6 件 ·

  • --igenomes_base could not validate file format
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#605 ·

  • Add sample methylation summary for the Methyldackel workflow
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/methylseq#601 ·

  • speed issues
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

    nf-core/methylseq#600 ·

  • Bismark alignment failure (0% mapping) caused by Bowtie2 2.5.5 regression with EM-seq paired-end parameters
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 58/100

    nf-core/methylseq#599 ·

  • bwa-mem aligner not using GPU
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#597 ·

  • `PICARD_COLLECTHSMETRICS` process is skipped due to empty input channel
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    nf-core/methylseq#596 ·

  • Option --unmapped does not run Bismark with --unmapped argument
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/methylseq#595 ·

  • Resume function is re-doing alignments instead of resuming at methylation calls
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

    nf-core/methylseq#594 · コメント 2 件 ·

  • Inconsistent explanations about "--zymo" in methylseq v4.2.0 documentation
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100

    nf-core/methylseq#591 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 ·

  • Workflow exits after TrimGalore with “successful” status but no alignments produced
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/methylseq#589 · コメント 9 件 ·

  • conflicting advice in usage document
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/methylseq#588 · コメント 1 件 ·

  • [bug] - samplesheet schema for genome field too strict
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 68/100

    nf-core/methylseq#587 ·

  • Support multiple bed files for targeted sequencing analysis
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#573 ·

  • Running in `-stub` mode fails for BISMARK_SUMMARY
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 38/100

    nf-core/methylseq#527 · コメント 1 件 ·

  • Bismark soft clip --local_alignment True keeps L,value,value
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#472 · コメント 1 件 ·

  • Add minimap2 as aligner option for Bismark
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/methylseq#455 ·

  • Specify additional "genomes" of spike-in controls for downstream calculation of bisulfite conversion efficiency
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nf-core/methylseq#394 · コメント 7 件 · リアクション 2 件 · 担当者 1 名 ·

  • Support for NuGEN Ovation RRBS
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    stale

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/methylseq#376 · コメント 2 件 ·

  • Add `rastair`
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nf-core/methylseq#374 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 ·

  • Mapping samples to multiple reference fasta
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    dsl2 enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/methylseq#181 · コメント 15 件 · リアクション 1 件 ·

  • Complexity curve
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    question stale

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

    nf-core/methylseq#96 · コメント 5 件 ·

  • Add SNP calling
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

    nf-core/methylseq#65 · コメント 6 件 ·

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