Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

nf-core/methylseq

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Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark/bwa-meth + MethylDackel or bwa-mem + rastair

nf-core/methylseq è adatto ai principianti?

Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su nf-core/methylseq per dire quanto spesso vengono accettate. In questo momento sono aperte 3 issue adatte ai principianti.

Stelle
201
Fork
182
Issue aperte per principianti
3
Issue indicizzate
28
Merge medio
45m
PR unite (30g)
1
Lingua principale
Nextflow
Licenza
MIT
Ultimo push su GitHub
7/10/2026
Ultima indicizzazione
19/9/2026
Guida per i contributori
Codice di condotta
Label per principianti
Nessuna label per principianti indicizzata

Come contribuire a nf-core/methylseq

  1. Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
  2. Il progetto include un dev container: aprilo in Codespaces per avere un ambiente funzionante nel browser.
  3. Leggi il suo codice di condotta: vale per issue e pull request tanto quanto per la chat.
  4. Scegli una delle 3 issue aperte adatte ai principianti qui sotto e, prima di iniziare, scrivi in un commento che vuoi occupartene.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • bwa-mem3 support
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/methylseq#630 ·

  • Add UMI support
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

    nf-core/methylseq#629 ·

  • Add 5-bases Illumina kit support
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/methylseq#619 · 1 reazione ·

  • Adopt combined-index Bismark alignment modes / rethink the --multicore default (Bismark 3.1.0)
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#615 · 3 commenti ·

  • Calling variants with rastair in the TAPS branch
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/methylseq#611 · 3 commenti · 1 assegnatario ·

  • bwameth symlink bug
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

    nf-core/methylseq#608 · 6 commenti ·

  • --igenomes_base could not validate file format
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#605 ·

  • Add sample methylation summary for the Methyldackel workflow
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/methylseq#601 ·

  • speed issues
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

    nf-core/methylseq#600 ·

  • Bismark alignment failure (0% mapping) caused by Bowtie2 2.5.5 regression with EM-seq paired-end parameters
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 58/100

    nf-core/methylseq#599 ·

  • bwa-mem aligner not using GPU
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#597 ·

  • `PICARD_COLLECTHSMETRICS` process is skipped due to empty input channel
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/methylseq#596 ·

  • Option --unmapped does not run Bismark with --unmapped argument
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/methylseq#595 ·

  • Resume function is re-doing alignments instead of resuming at methylation calls
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

    nf-core/methylseq#594 · 2 commenti ·

  • Inconsistent explanations about "--zymo" in methylseq v4.2.0 documentation
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/methylseq#591 · 1 commento · 1 reazione ·

  • Workflow exits after TrimGalore with “successful” status but no alignments produced
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/methylseq#589 · 9 commenti ·

  • conflicting advice in usage document
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/methylseq#588 · 1 commento ·

  • [bug] - samplesheet schema for genome field too strict
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/methylseq#587 ·

  • Support multiple bed files for targeted sequencing analysis
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#573 ·

  • Running in `-stub` mode fails for BISMARK_SUMMARY
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 38/100

    nf-core/methylseq#527 · 1 commento ·

  • Bismark soft clip --local_alignment True keeps L,value,value
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#472 · 1 commento ·

  • Add minimap2 as aligner option for Bismark
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/methylseq#455 ·

  • Specify additional "genomes" of spike-in controls for downstream calculation of bisulfite conversion efficiency
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/methylseq#394 · 7 commenti · 2 reazioni · 1 assegnatario ·

  • Support for NuGEN Ovation RRBS
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    stale

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/methylseq#376 · 2 commenti ·

  • Add `rastair`
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/methylseq#374 · 1 commento · 1 assegnatario ·

  • Mapping samples to multiple reference fasta
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    dsl2 enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

    nf-core/methylseq#181 · 15 commenti · 1 reazione ·

  • Complexity curve
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    question stale

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

    nf-core/methylseq#96 · 5 commenti ·

  • Add SNP calling
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

    nf-core/methylseq#65 · 6 commenti ·

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